Jednou za dva roky si členové MOS volí své zástupce, jejichž úkolem je řídit spolek a zajišťovat ornitologickou a ochranářskou činnost v regionu. V únoru 2011 bylo do prezidia zvoleno 7 členů. Všechny funkce jsou čestné.
| Funkce | Jméno |
|
| Předseda:
| RNDr. Jaroslav Koleček | (více)
|
| Místopředseda: | Jiří Šafránek | (více)
|
| Jednatel: | Ing. Adolf Goebel, Ph.D. | (více)
|
| RNDr. Josef Chytil, Ph.D. | (více)
|
| Ing. Jiří Šírek | (více)
|
| Jan Vidlař | (více)
|
| Bc. Martin Vymazal | (více)
|
|
